Grande parte das obras expostas no Inhotim diz respeito a instalações permanentes, e muitas delas foram realizadas dentro do conceito de site-specific. Ao serem convidados, os artistas desenvolvem projetos especialmente para o Inhotim, levando em conta características naturais e culturais do local. Essas obras resultam, muitas vezes, de vários anos de trabalho, envolvendo um estreito diálogo entre artistas, curadores, arquitetos, paisagistas, produtores e outros técnicos envolvidos.

A oportunidade oferecida aos artistas de realizarem aqui projetos de complexa instalação e manutenção é um grande diferencial do Inhotim no contexto internacional. Uma série de obras com essas características foi inaugurada em 2009, entre as quais se encontram Sonic Pavilion (2009), de Doug Aitken, De lama lâmina (2009), de Matthew Barney, e Piscina (2009), de Jorge Macchi.

Assim como as obras site-specific, as esculturas expostas em meio ao jardim estão essencialmente associadas ao local onde foram permanentemente instaladas. Ao inserir uma escultura, artistas e curadores pesquisam a localização que ofereça melhores condições às especificidades do trabalho, estabelecendo um diálogo entre obra e entorno.

Inhotim possui ainda galerias e pavilhões construídos especialmente para abrigar de forma permanente trabalhos de um determinado artista. As Galerias Cildo Meireles e Adriana Varejão, inauguradas, respectivamente, em 2004 e 2008, expõem um seleto conjunto de obras desses dois grandes nomes da arte contemporânea brasileira. Já a Galeria Doris Salcedo, inaugurada em 2008, foi projetada para abrigar uma única obra, Neither (2004), da artista colombiana, seguindo o modelo da Galeria True Rouge, de 2004, dedicada à obra homônima de Tunga. As obras La intimidad de la luz em St Ives (1997), de Victor Grippo, e Continente/Nuvem (2007), de Rivane Neuenschwander, foram instaladas em construções remanescentes de uma antiga fazenda, especialmente restauradas para recebê-las, e inauguradas em 2008 e 2009, respectivamente.